調べてみた

Linux PCのマザーは ASUA P5A。チップセットは ALLADiN 5。PCIリビジョンは2.1。(参考：チップセットのスペック一覧)

これに対して，Intel PRO/1000 MT は製品情報によると PCI 2.3 32ビット 33/66MHz とある。(参照：Intel PRO/1000 MT)

この辺の差かなぁと思ったりしたが，パワーマネジメントやホットプラグ絡みの違いだけらしく，基本的な動作には影響しないらしい…う～む。依然として謎である。